首先：两者的招生形式不同。上海中考自主招生是提前批次的第一录取，是一模后就开始的，市重点的高中进行考试和面试后，签约录取的。而名额分配是中考报名的第二录取学校。

其次：两者录取的区域不同。自主招生可以是本区的，也可以是外区的，而名额分配只能是本区的。