基础医学和临床医学的待遇区别还是很大的，基础医学主要是研究理论，基础医学等专业性的一些基础科研项目，所以它的待遇相对于临床医学来说，每年会相差2万~5万左右，所以的待遇方面临床医学会更好一些。