原核生物的有氧呼吸，发生在细胞质基质。有氧呼吸，不是说非要发生在线粒体的。原核生物的细胞质，具有有氧呼吸所需要的酶，就可以进行有氧呼吸。原核生物细胞能进行有氧呼吸。原核生物，如硝化细菌、根瘤菌，虽然没有线粒体，但却含有全套的与有氧呼吸有关的酶，这些酶分布在细胞质基质和细胞膜上，因此，这些细胞是可以进行有氧呼吸的。

有的原核生物如乳酸菌、产甲烷杆菌等，没有与有氧呼吸有关的酶，因此，只能进行无氧呼吸。总之，大多数原核生物能进行有氧呼吸。