梅州海关是汕头海关下辖的二级关（处级），人事关系属汕头海关（厅级）。

由于梅州的出口额不大，梅州海关的工作量应该比较小，不过收入不受影响，因为海关是中央直属单位，收入与上级海关看齐而不是与地方看齐。