菏泽市开发区当然归菏泽市管辖。

菏泽市开发区目前有两个，东西各一。东部叫菏泽经济技术开发区，辖原菏泽市牡丹区的丹阳、佃户屯、岳程街道办事处及后来定陶县的陈集镇、孟海乡、半堤乡。西部叫菏泽市高新区，辖菏泽城区昆明路以西部分，原牡丹区的万福、吕陵、马陵岗乡镇。

菏泽市开发区是省级经济开发区，直接属于菏泽市委市政府管理，部分民生事业和统计报表工作，又归属于原来的牡丹区负责！

开发区总的来说还应该是归菏泽市牡丹区

归属地当然是山东省菏泽市

但是菏泽市开发区它是属于省级经济开发区主要是用于这个经济开发！和牡丹区不一样，牡丹区有属于自己的政府和党委，还有一些政府机构。但是经济开发区属于菏泽派出机构，他的组织结构就是党工委和和开发区管委会