贝加尔湖的水不能喝，贝加尔湖内的细菌浓度已经达到会产生毒素的极值。

几乎整个贝加尔湖水区都长满水棉，这些水棉导致贝加尔湖生态系统发生变化。贝加尔湖附近大型森林火灾频发，火灾产生的烟雾也会影响湖水生态系统，增加湖水中铵等促进生物生长的成分。