公租房水费有违约金由自来水公司收取。因为公租房只是房屋的产权方式不同，但是无论是什么样的业主，关于生活费用的水电煤气费用的缴纳，都是属于业主个人与自来水供电局和煤气公司来完成缴费义务，只是如果水费委托物业代收，那就是另外一回事，但是如果出现水费违约的处理，那是业主个人向自来水公司缴纳违约金。其他人或是单位没有权利处理。