京杭大运河通过修建大大小小的引水渠和船闸工程，巧妙地穿过长江和黄河。在穿越长江时，工程师们修建了南京段的五通渠和太湖段的无锡闸，通过引水渠和闸门的控制，实现了运河与长江的衔接。

而穿越黄河则在淮安段修建了蒙头闸，利用闸门的升降控制水位，让运河与黄河相连。这些水利工程的建设，有效地解决了京杭大运河穿越长江和黄河的难题，确保了运河的通航畅通。