重庆96个平行志愿与湖北45个志愿的主要区别体现在志愿数量和投档方式上，具体如下：

- 志愿数量：重庆本科批设置96个专业平行志愿，湖北本科批可填报45个院校专业组志愿。

- 投档方式：

- 重庆平行志愿的投档原则是“分数优先、遵循志愿、一轮投档”，按照考生投档排序位次进行投档。考生的选考科目在符合高校招生专业（类）选考要求的前提下，填报专业平行志愿时，可能会出现以下3种情形：

一是可以填报不同专业（类）的不同高校；

二是可以填报不同专业（类）的同一所高校；

三是可以填报同一专业（类）的不同高校。在志愿填报时，以上3种情形也可综合填报。

- 湖北普通类分为本科提前批、本科普通批、高职高专提前批、高职高专普通批四个批次。本科提前批考生可填报不超过20个院校专业组志愿，本科普通批考生可填报不超过45个院校专业组志愿，每个院校专业组志愿内可以选报不超过6个专业及是否服从专业调剂。

总的来说，考生在填报志愿时需结合个人选科情况和对院校、专业（类）的倾向及喜好程度，综合考量、慎重选择、科学填报。