厦门站的北进站口和南进站口主要区别在于它们所连接的交通方式和周边区域：

北进站口：

主要特点是与地铁连接口相邻，方便从地铁直接进站的乘客使用。

适合那些利用地铁作为到达火车站交通工具的旅客。

南进站口：

临近公交站点和出租车停靠区域，方便乘坐公交车或打车到达的旅客直接进站。

更倾向于服务于通过地面公共交通工具抵达的乘客。

两个进站口都对应着各自的广场（南广场和北广场），并且都能进入站内候车，没有显著的服务或功能上的不同，主要的区别是为了方便不同交通方式的乘客更便捷地进入车站。此外，根据历史信息，在某些特殊时期如春运期间，可能会有不同的列车类型（如G、D字头的高速列车主要从北进站口进站，但南进站口同样可以进入），但日常情况下，两个进站口对所有乘客都是开放的。