农合报完后不能做工伤鉴定。参保人使用新农合报销医疗费，当然不能申请工伤劳动能力鉴定。工伤赔偿由参加职工社保的人领取，新农合不属于职工社保

可以申请工伤认定，和是否报了合作医疗无关，只要是因为工作原因造成的，都可以申请工伤认定。