区别是违章行为的性质不同，也是根据违章后所产生的危险程度来确定的。驾驶证扣六分主要是驾驶车辆闯红灯产生的，这是常电扣六分的违章行为，那种扣六分是在高速上非法占用应急车道而产生的违章行为。

扣三分的违章行为主要是未按地面标识线驾驶车辆行驶、限时路段转弯、斑马线未礼让行人等违章行为

没有区别，科目一允许扣十分，只要成绩达到90分及以上都是合格。我考科目一的时候就错了一道题，得了99分，顺利的过关了。