南昌医学院拥有湾里和小蓝两个校区，占地面积686.35亩。其中，湾里校区为主校区，占地400亩，主要功能为理论和实验教学。所以说湾里校区才算是南昌医学院本部。

南昌医学院的前身为2001年创办的江西中医学院抚生学院，2002年更名为江西中医学院科技学院，2013年更名为江西中医药大学科技学院，2021年3月转设改名为南昌医学院。