根据教育部规定及相关高校合并转设的历史来看，三本院校与高职合并后学费收费方法如下:

1.老生按原标准收费，新生按新标准收费

2.合并后院校为公办则学费一般不高于一万元人民币

3.合并后院校为民办则学费一般高于两万元人民币

4.具体收费标准按当地教育部门和当地物价部门的要求执行