两个市的医保的合并流程如下

1、打开支付宝，在首页点击市民中心

2、进入市民中心页面，点击右上角社保；

3、在社保办理选项下点击社保转移申请即可。根据相关法律规定可知，最后需要注意的是，个人的社保缴费记录是很重要的，例如在某些省会城市，会要求外地人员连续缴纳满5年社保，才能申请落户或者在当地买房。所以到了异地工作以后，最好申请社保合并，这样可以享受到部分公共福利政策。个人跨统筹地区就业的，其基本医疗保险关系随本人转移，缴费年限累计计算。