2018年，在全国独立学院综合排名中，南通大学杏林学院排名第140名，在江苏省排第15名。

杏林学院虽然排名并不靠前，但依托南通大学的教育资源，在临床医学、医学护理及医学检验等专业方面，还是有很强的竞争力的。