40000扣除个人所得税算法如下：

1.应纳税所得额=工资收入金额－各项社会保险费－起征点(5000元)

2.应纳税所得额=40000-0-5000=35000

3.应纳税额=应纳税所得额x税率－速算扣除数

4.应纳税额=35000x25%-2660=6090