1. 招生对象与招生方式不同。五年制大专招生对象是初中毕业生，毕业证书注明学制五年 。而三年制大专招生对象是高中毕业生、三校生，毕业证书注明学制三年。五年制大专招生由省级教育部门统一安排，只招收中考成绩达到一定录取控制线的考生。而三年制专科则由专科教育普通高等学校统招。

2. 教学计划与收费标准不同。而五年制大专则分为“3+2”制和“五年一贯制”两种。其中“五年一贯制”是五年连贯教学，中间不需要参加任何考试，学费按大专收费标准分年收取。而“3+2”制则指的是学生可以只读三年，三年毕业以后，如果不想再继续深造，学校发中专毕业证书。但如果想继续深造，需再参加统一的普通高考，并被相关专科学校录取，毕业后发大专毕业证书。前3年学习中职知识和专业技能，后2年学习大学理论知识。学费实行分段收费，前三年按中专学费标准执行，后两年按普通高校的对应专业学费标准执行。

3. 实习时间不同。五年制大专的学生提前一年就可以安排实习并获得实习工资，而三年制大专一般是提前半年。三年制大专只有“三年一贯制”一种，三年连贯教学，学费按大专收费标准分年收取。

三校生毕业取得中专学历证书，如升学需参加高考或单招，且大专学制三年。而后者五年中专、大专学历一并取得。