南京市区牌照和郊区牌照的主要区别如下：

英文字母：市区车牌照以苏A开头，郊区车牌照则以英文字母和数字组合。

样式：南京市市区车牌号码以苏A开头，而郊区车牌即溧水、高淳等地区，则是以各自区域代码开头。

总的来说，南京市区牌照和郊区牌照的区别主要表现在英文字母和车牌号码的组合样式上。