千层肚水发和碱发各有优缺点。水发千层肚口感更加清香，营养流失少，但发制时间长，需要多次换水，而且发制过程中容易产生异味。碱发千层肚口感更加脆嫩，发制时间短，而且不容易产生异味，但碱发过程中会损失一些营养，而且如果碱面没有清洗干净，可能会残留在千层肚中，对人体健康不利。因此，在选择千层肚的发制方法时，可以根据自己的喜好和需求来决定。