赤道横贯中部，东非大裂谷纵贯南北。

沿海为平原地带，其余大部分为平均海拔1500米的高原。东非大裂谷东支纵切高原南北，将高地分成东、西两部分。大裂谷谷底在高原以下450－1000米，宽50－100公里，分布着深浅不等的湖泊，并屹立着许多火山。北部为沙漠和半沙漠地带，约占全国总面积的56%。中部高地的肯尼亚山海拔5199米，最高峰、非洲第二高峰，峰顶终年积雪。瓦加加伊死火山海拔4321米。

位于热带季风区，大部分地区属热带草原气候，沿海地区湿热，高原气候温和。

3-6月、10-12月为雨季，其余为旱季。年降雨量自西南向东北由1500毫米递减到200毫米。首都内罗毕气候温和，年平均气温17.7°C，年降雨量1049毫米。

但受其地势较高的影响，为热带草原气候，降水季节差异大。全年最高气温为22-26℃，最低为10-14℃。