南邮自动化和南工大自动化各有其独特的优势和特点，具体哪个更好需要考虑多种因素。

南京邮电大学的自动化专业偏向于电子工程和通信工程方向，在信息技术、电子工程和通信工程领域具有一定的优势。该专业主要涉及自动化控制、智能系统、工业机器人等领域，注重实践和应用，拥有较为完善的实验室和实验设备。

南京工业大学的自动化专业则偏向于工业过程控制和自动化仪表方向，在化工、制药、热能、轻工等领域具有一定的优势。该专业主要涉及自动化检测、控制系统的设计和应用、自动化仪表等领域，注重理论和实践的结合。