京九铁路不经过兖州。

京九铁路北起北京西站，跨越京、津、冀、鲁、豫、皖、鄂、赣、粤九省市，南至深圳，连接香港九龙。该铁路自河北衡水向南进入山东经过的是聊城市与菏泽市的境内，再向南则进入到河南省的地域。

济宁市兖州区在菏泽市的东面，两地城区的距离大约为145公里。两地之间有铁路新石线连接。

京九铁路不会经过兖州。