南京工业大学王牌专业有工程装备与控制工程、无机非金属材料工程、电气工程及其自动化、土木工程、建筑环境与能源应用工程、测绘工程、化学工程与工艺、制药工程、建筑学、安全工程等，可以算得上是最好的一些专业了。

南工最强的专业有，化学工程与技术，材料科学与工程，轻工技术与工程，安全科学与工程。