薛家湾镇始建于1990年8月，1999年8月旗人民政府驻地从沙圪堵镇迁驻薛家湾镇。

2005年8月鄂尔多斯市为深化乡镇机构和干部人事制度改革，精简机构和人员，提高行政办事效率,减少财政支出,减轻农牧民负担。全市全面施行合乡并镇，由原窑沟乡、哈岱高勒乡、海子塔镇、薛家湾镇的全部和原长滩乡、东孔 兑镇的六个村组成新的薛家湾镇。