南方医科大学位于广东省广州市白云区沙太北路，离它最近的地铁站是3号线上的京溪南方医院站，站名是由附近的京溪村及南方医院合并而成，而其中的南方医院就是指的南方医科大学的附属医院，和学校挨着的。