东南大学自动化学院的研究方向包括控制科学与工程、电气工程、机械工程、交通工程、生物医学工程、计算机科学与技术、导航与测控和能源与环境等方向。

其中，控制科学与工程方向的研究包括复杂系统理论与技术、智能控制理论与技术、机器人科学与技术、计算机控制技术与系统、工业自动化系统等。

电气工程方向的研究包括电力系统及其自动化、电力电子技术、高电压与绝缘技术、电机与电器、新能源和智能电网等。

交通工程方向的研究包括交通规划与设计、交通流理论与控制、智能交通系统、交通安全等。

生物医学工程方向的研究包括生物医学成像、生物医学信号处理、生物医学仪器设计等。

计算机科学与技术方向的研究包括计算机系统结构、计算机软件与理论、计算机应用技术等。

导航与测控方向的研究包括卫星导航与定位技术、惯性导航与控制系统、遥感图像处理与理解等。

能源与环境方向的研究包括新能源技术、能源系统优化、建筑能源与环境等。

总的来说，东南大学自动化学院的研究方向涵盖了多个领域，涉及控制科学与工程、电气工程、机械工程、交通工程、生物医学工程、计算机科学与技术、导航与测控和能源与环境等多个方向。

东南大学自动化主要研究自动控制系统的算法、人工智能在自动控制系统中的应用等方面。