农行工本费是在客户来办理开卡等业务时一次性扣除的，之后不会在二次扣除。工本费主要是在办理银行卡、存折、票据等其他业务时收取的费用。银行卡因卡种不同，收费标准也不相同。目前，银行都是通过智能机办理银行卡，不能实时收费，银行卡有资金后系统批量扣费。