分开办理费用和一起办理是不同的。分开办理和一起办理的费用是不同的。根据相关规定和出入境管理部门的政策，分开办理护照和港澳通行证的费用和一起办理的费用是不同的，因为不同的服务费用和流程导致不同的费用。分开办理需要重新提交申请材料，因此需要支付服务费用；而一起办理则是在进入申请流程时通过申请系统进行合并，所以并不会产生额外的服务费用。因此，分开办理和一起办理的费用不同。在办理护照和港澳通行证时，建议按照个人需求和时间安排进行选择，可以权衡分开办理和一起办理的优劣势，根据自身的具体情况来进行选择，以达到经济、高效和便捷的办理目的。