一般来说，两条序列的相似性达到80%，我们就认为这是同源序列，即同源基因。

直向同源基因就是在进化过程中，物种间相同的基因，所以又叫垂直进化同源基因。

横向同源基因是由于基因重复而产生的基因，所以又叫平行进化同源基因。

还有就是异源同源基因，是由于基因在不同物种中转移而产生的同源基因，比如病毒或细菌侵入一些哺乳动物或人体，在宿主中发生基因整合，就会发生基因转移。