厦门航空下辖福州、杭州、南昌、天津、北京、长沙、重庆、泉州八个分公司。以厦门、福州、杭州、长沙、北京为运营基地。

厦门航空以重庆、天津、长沙、南昌、泉州、武夷山为第二枢纽，经营至全国各大中城市以及港澳台、新加坡、马来西亚、泰国、日本、韩国、印度尼西亚等240多条国内、国际和地区航线，在境内外四十几个大中城市设立了办事处和营业部。