东南大学的数学系和南京师范大学数学系比较，都很好各有千秋，东南大学数学系要比南师大要好一点，因为东南大学是985重点院校，在科研和教学方面都是一流水平，由于东南大学是理工科为特点的，所以在数学科研方面还是以理工科方向为主，南师大是211重点院校，科研和教学也是一流水平，所以说两个院校都很好值得参考。