第三军医大学毕业后的分配方法：

1、按成绩分配

2、按生源地分配

所以，根据毕业生的成绩，逐层分配到生源地的J区级单位，J级单位，S级单位，丅级单位，练级单位。如果生源地的J队单位没有名额，那么就根据组织要求进行分配，也可能分配到地方医疗管理机关。