大学军训免训不扣学分，因为大学军训会有部分人员不适应训练强度等，会让医院出具证明材料来避免军训，只要跟学校辅导员和教官说明情况，并提交了纸质申明就可以免训了，虽然会有学分，但免训人员的成绩会很低，可能只达到及格线左右，如果是正常训练的则会在七八十分。

不扣。因为根据大学军训的有关规定，凡是持有正规医院开具的身体健康证明的学生是可以申请免训的，而且还可以正常获得学分。所以大学军训免训不会扣学分的。