清华大学医学实验班和协和医科大学都是国内顶尖的医学教育机构，都有自己的优势和特色。清华大学医学实验班注重培养基础科学研究人才，强调理论与实践相结合；而协和医科大学则侧重于临床医学教育，有着广泛的医疗资源和师资力量。具体选择哪个医学院校，需要根据个人的兴趣、职业规划和学术能力来综合考虑。