签注三个月一次和三个月两次的主要区别在于签证的有效期和次数。

具体来说，三个月一次的签注是指签证的有效期为三个月，持证人只能在有效期内进出目的地一次，而不能多次进出。而三个月两次的签注是指签证的有效期为三个月，持证人可以在有效期内进出目的地两次，但不能多次进出。

例如，如果持证人在三个月内两次进入目的地，那么该签证将被视为使用完毕，并且不能再使用该签证进入目的地。

此外，不同的国家和地区的签证政策可能有所不同，因此具体的签注类型和要求可能会有所差异。如果您需要了解更详细的信息，建议咨询当地的签证机构或领事馆。