厦门农行可以通过两种方式下调存量房利率。首先，可以通过主动降低基准利率，引导存量房贷款利率下调。其次，可以与客户协商，对客户进行降息。这可以通过与客户签订新的合同或者在原有合同中添加条款来实现。需要注意的是，在进行利率下调操作时，需要考虑到银行的风险和利润，确保下调利率不会对银行的经营产生负面影响。