如果行李不是很多的话，可以抵达后乘地铁S1到南京南站，再换乘其余线路至市区。S1在南京南可以换乘1，3号线，换乘需步行七分钟，禄口机场至南京南全程33分钟。

行李多的话，抵达后直接出航站楼，有机场巴士，去市区的好像是一条去南京火车站，一条去南京南站，还有条去河西万达。不知道题主的市区具体是哪，地铁大巴各有优劣，还是以抵达终点便捷度来选吧。