平潭县隶属福州市，由福建省平潭综合实验区管理委员会管辖，其行政区域和福建省平潭综合实验区重合。

2013年7月，平潭综合实验区获得并行使设区市经济社会管理权限，是福建省直管的地级行政管理区。平潭县与平潭综合实验区实行“政区合一”（行政区和实验区）的管理体制。