如果大连公积金余额不足，需要进行还款的话，可以尝试以下几种方式：

1. 约定补缴：与公积金管理部门联系，协商约定补缴的方式，可以选择一次性还清或分期补缴。

2. 缴纳个人部分：可以选择先缴纳个人部分的公积金，将余额还清。一般可以通过银行代扣、网上支付等方式进行缴纳。

3. 调整还款计划：如果无法一次性还清，可以与公积金管理部门协商调整还款计划，延长还款期限或者分期还款。

无论采取哪种方式，建议与公积金管理部门主动联系，了解具体的还款规定和办理流程。