南沙区辖有1个街道、3个镇：南沙街道、万顷沙镇、黄阁镇、横沥镇。

万顷沙镇有沙尾一村、沙尾二村、民建、民兴、民立、福安、新安、年丰、同兴、红湖、红港、红洋、红江、红海、工程15个村委会。黄阁镇有14个村民委员会。横沥镇有 14个村民委员会。、同兴、红湖、红港、红洋、红江、红海、工程15个村委会。黄阁镇有14个村民委员会。横沥镇有 14个村民委员会。