德国牧羊犬的眼睛大多是棕色或黑色的。如果出现深绿色等其他颜色，则是劣势。德国狗的眼球结构比较特殊。人们还发现，狗可以区分不同深浅的灰色和一些颜色，尤其是蓝色和紫色。

当光线通过视网膜到达德国狗眼球后部的虹膜时，再次被虹膜反射，在视网膜上形成图像，这就是猫狗可以借助弱光在夜间捕猎的原因。虹膜反射的光还是会通过视网膜，这就是为什么狗的眼睛在昏暗的光线下会发光。

德牧的眼睛一般是暗黑色的为纯种，而眼睛为暗红色的则相对来说不太纯。但在挑选德牧犬的时候并不能只能单一的看狗狗的眼睛颜色，还应该结合看狗狗的体型，一般体型要相对对称就比较好。毛发要浓密并且顺滑有光泽，头部大小要适中不可太大或者太小。精力比较旺盛的就比较好。