复旦大学医学院源自原来的上海医科大学，原上海医科大学是一所底蕴深厚实力强大的医学名校，并入复旦大学前就已经通过了首批211工程立项审核，为复旦大学贡献了3个一级国家重点学科，22个二级国家重点学科。

2017年教育部学科评估中，复旦大学共有23个A类一级学科中，其中医学类占了4个：基础医学、临床医学两个一级学科获得A，中西医结合、药学两个一级学科获得A-。