可以

根据南京市的政策规定，毕业生租房补贴最多可以累计申请领取三年1。每年可获得不超过6000元的租房补贴，符合条件的申请人可以在南京市住房公积金APP和南京市公共租赁住房网站进行申请2。因此，南京租房补贴可以一次申请三年，但每年最高可获得6000元的补贴。

南京租房补贴可以一次申请三年，中途有信息变更可以在网上修改。