不会，因为富士山距离京都有400公里。

富士山火山喷发产生的熔岩流灾害和碎屑流灾害的影响范围有限，一般不超过100公里，所以不会对京都产生什么影响。而火山灰影响是区域性的，如果规模足够大、气候条件允许的话，它可以漂流上千公里甚至几千公里，但是富士山纬度的影响，大气环流的方向主要由西向东，京都在富士山的西边，换句话说，火山灰只会向东跑，到不了京都。也就是说，富士山如果发生不超过6级的喷发，它所产生的灾害效应不会对京都产生影响。