区别主要是发放证件的政府部门单位不一样，小餐饮店办理的食品经营许可证是当地食品药品监督管理局审核通过发放的，而餐饮店营业执照则是由当地工商局通过审核之后发放的，如果从“有效期”这方面看的话，营业执照的有效期比较长，食品经营许可证的有效期比较短