是公办大学。创建于1947年的合江军区卫生学校，1958年升格为佳木斯医学院，1980年学校在国内较早开始招收培养硕士学位研究生，1986年获硕士学位授予权。

1995年，佳木斯医学院、佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校和原佳木斯大学合并成为新的佳木斯大学。合校后，2013年获批博士学位授权一级学科，2017年获批新增推荐免试攻读研究生高校。现改称医学部，包括基础医学院、临床医学院*检验医学院（附属第一医院）、口腔医学院（附属第二医院）、康复医学院*护理学院（附属第三医院）。是省属公办大学