1、分子、原子是微观概念，既论种类又论个数；元素是宏观概念，只论种类不论个数。

2、分子原子可构成物质，元素可组成物质。

3、原子构成分子，也可以直接构成物质（如：金属；稀有气体；部分非金属C、Si、P、S等都由原子直接构成）。

4、元素是具有相同质子数的一类原子的总称，这些原子质子数虽然相同，但中子数可能不同（如氢原子与重氢原子，它们的质子数都是1，同属于氢元素，但氢原子没有中子而一个重氢原子却有一个中子）。

还有可能某些原子的质子数相同，但电子数不同，只要质子数相同，那么肯定属于同类元素。