在长沙黄花国际机场T2候机楼内，南航专属值机区域是“A”岛，所有南航的航班都在A区域办理值机手续、行李交运、自助值机、问询等业务。

A岛一共有12个国内值机柜台和4个国际值机柜台，其中1-2个中转柜台、2个高端旅客柜台、1个晚到旅客柜台、1个高端经济舱和1个补交运行李柜台、1个特殊/团队旅客柜台，其他为经济舱柜台，每个柜台都可以办理换取登机牌。

进入新候机楼后，南航将采取用“S”形的排队方式为旅客办理值机手续。“晚到旅客柜台”是专门为在“停办手续前5分钟到达”的旅客办理快速登机牌的专用柜台。

有的黄花机场是有南航的柜台的