不会的。农村合作医疗从2018年开始，开设了个人的社保账号，并办理了社保卡，这就说明了农村合作医疗从今年开始不会再出现年底清零的现象，一旦农村合作医疗费用当年有剩余的话，可以结转到下一年继续使用。如果哪年断交农村合作医疗的话，如果接着再交农村合作医疗必须补交上一年的农村合作医疗费用，其所交的费用包括个人部分以及国家补贴的部分。

农村居民医保一年一清零。

农村合作医保险交的钱，到年底不会被清零的。如果医保卡上的钱在当年没有使用，医保卡上的钱可以在第二年计算。医疗卡内这些账户的余额都可以使用，比如到定一个点的医疗机构登记、买药等，都可以直接刷医疗卡。